Onde o VirtualBox guarda cada parte da VM
Por padrão, cada VM tem uma pasta própria dentro de VirtualBox VMs. Nela ficam o .vbox, que descreve a VM em XML, os discos virtuais, a subpasta Logs e, se houver snapshots, a subpasta Snapshots. A lista das VMs registradas fica em outro lugar: o arquivo global VirtualBox.xml, na pasta de configuração do usuário.
Segundo o manual da Oracle, cada .vbox carrega o próprio registro de discos, onde o VirtualBox anota qual arquivo pertence à VM e quem é pai de quem. Por isso, uma VM pode sumir da lista e continuar inteira na pasta. O contrário também acontece: o disco está lá, mas o registro aponta para um caminho que não existe mais.
Discos diferenciais: por que o arquivo maior não basta
Ao tirar um snapshot, o VirtualBox congela o disco e passa a gravar tudo num disco diferencial novo. O pai vira somente leitura e só é consultado para setores que não mudaram. Com vários snapshots, forma-se uma árvore: o dado mais recente pode estar em arquivos pequenos da pasta Snapshots, e não no VDI grande.
Apagar um snapshot obriga o VirtualBox a copiar cada setor do diferencial de volta para o pai, o chamado merge. O manual avisa que isso pode demorar e exigir bastante espaço livre temporário. Um merge interrompido por falta de espaço ou por desligamento brusco pode deixar o disco inconsistente.
A VM abriu de novo, mas falta coisa
Recriar a VM e anexar o VDI base costuma fazê-la iniciar, só que no estado de quando o primeiro snapshot foi tirado. O que foi gravado depois ficou nos diferenciais, fora da conta. Antes de dar o caso por resolvido, abra os arquivos que importam e confira as datas mais recentes.
Na avaliação, o ponto de partida são cópias da pasta da VM e do VirtualBox.xml. A análise procura reconstruir a ordem dos diferenciais, ler os volumes de dentro do disco virtual e conferir as pastas que você apontou. O laudo descreve o que abriu e o que não abriu.